Biologia obliczeniowa

Program zajęć

Zajęcia odbywają się w formie cyklu seminariów. Każdy student zobowiązany jest wybrać jeden z tematów do samodzielnego opracowania, a następnie (w stosownym terminie) przeprowadzić jego prezentację. Po materiały pomocnicze, a także szczegółową listę zagadnień, które powinny zostać uwzględnione w ramach konkretnego tematu należy zgłaszać się do prowadzącego.

Wprowadzenie - slajdy.

Celem zagwarantowania spójności oznaczeń sugeruje się używanie symboli z ostatniej planszy.

Warunki zaliczenia przedmiotu:

Prezentacja opracowanego tematu w określonym na pierwszych zajęciach terminie (czas: 70-90 min).
Obecność na co najmniej "wszystkich - 3" zajęciach (tak, lista będzie sprawdzana ),
Zaliczenie kolokwium na ostatnich zajęciach (oceniane binarnie).

Lista tematów. Terminy prezentacji.

Porządek odpowiada kolejności prezentacji.

Lp. Temat Wt 15¹⁵ s. 207 NE Śr 11¹⁵ s. 234 NE

Autor Termin Autor Termin

1. Liniowe dopasowanie dwóch sekwencji. Rusinek Olga, Siwek Karol, Suchocki Mateusz 9.03 Rozestwiński Krzysztof, Stański Adam, Wieloszyński Dawid 10.03

2. Liniowe dopasowanie dwóch sekwencji II. Potorski Rafał, Sobecki Andrzej 16.03 17.03

3. Liniowe dopasowanie wielu sekwencji. Olek Marcin, Bielecki Mateusz, Patryk Jar 23.03 Skibski Łukasz, Czoska Karol, Chojecki Juliusz 24.03

4. Sekwencjonowanie DNA. Skorupka Agnieszka, Baten Kamila, Przybylski Mateusz 30.03 Konarzeniec Cezary, Cieślak Mateusz, Charmułowicz Marcin 31.03

5. Grafy przedziałowe jako model zagadnień bioinformatycznych. Chwiałkowski Marek, Tyrbiel Przemysław, Wacławczyk Bartosz 13.04 Bartkowski Robert, Bartoszek Adam, Chludziński Emil 7.04

6. Bazy i oprogramowanie bioinformatyczne w działaniu. Blamowski Kamil, Karwowski Krzysztof, Redlarski Andrzej 20.04 Musielak Bartłomiej, Maltański Arkadiusz, Rachwał Jacek 14.04

7. Wstęp do filogenetyki molekularnej. Ziółkowski Tomasz, Nykiel Michał, Orzechowski Piotr 27.04 Turowski Krzysztof 21.04

8. Odczytywanie historii ewolucji – metody dystansowe. Szwaczka Przemysław, Karpiński Jakub, Sasinowski Marcin 4.05 Brzeski Stanisław, Choduń Maciej, Cirocki Marcin 28.04

9. Odczytywanie historii ewolucji – metoda parsymonii. Turczański Daniel, Wietecha Marcin, Zygar Michał 11.05 Pańczyszyn Karlol, Wieconkowski Krzysztof 5.05

10. Ukryte modele Markowa. Kurczewski Maciej, Łada Cezary, Lewoń Robert 18.05 Sowa Grzegorz, Sójko Karol, Witkowski Paweł 19.05

11. Rearanżacje genomu a sortowanie przez inwersje. Krasuski Maciej, Kornas Michał, Kubale Tomasz 25.05 Ogrodowczyk Paweł, Rogaczewski Filip, Michna Bartosz 26.05

12. Komputery DNA – obliczenia w próbówce. Firlej Kornel, Felskowska Marta, Marcinkiewicz Piotr 1.06 Stepnowski Robert, Tokarski Szymon, Zdunowski Piotr 2.06

Lp.	Temat	Wt 15¹⁵ s. 207 NE	Śr 11¹⁵ s. 234 NE
Autor	Termin	Autor	Termin
1.	Liniowe dopasowanie dwóch sekwencji.	Rusinek Olga, Siwek Karol, Suchocki Mateusz	9.03	Rozestwiński Krzysztof, Stański Adam, Wieloszyński Dawid	10.03
2.	Liniowe dopasowanie dwóch sekwencji II.	Potorski Rafał, Sobecki Andrzej	16.03		17.03
3.	Liniowe dopasowanie wielu sekwencji.	Olek Marcin, Bielecki Mateusz, Patryk Jar	23.03	Skibski Łukasz, Czoska Karol, Chojecki Juliusz	24.03
4.	Sekwencjonowanie DNA.	Skorupka Agnieszka, Baten Kamila, Przybylski Mateusz	30.03	Konarzeniec Cezary, Cieślak Mateusz, Charmułowicz Marcin	31.03
5.	Grafy przedziałowe jako model zagadnień bioinformatycznych.	Chwiałkowski Marek, Tyrbiel Przemysław, Wacławczyk Bartosz	13.04	Bartkowski Robert, Bartoszek Adam, Chludziński Emil	7.04
6.	Bazy i oprogramowanie bioinformatyczne w działaniu.	Blamowski Kamil, Karwowski Krzysztof, Redlarski Andrzej	20.04	Musielak Bartłomiej, Maltański Arkadiusz, Rachwał Jacek	14.04
7.	Wstęp do filogenetyki molekularnej.	Ziółkowski Tomasz, Nykiel Michał, Orzechowski Piotr	27.04	Turowski Krzysztof	21.04
8.	Odczytywanie historii ewolucji – metody dystansowe.	Szwaczka Przemysław, Karpiński Jakub, Sasinowski Marcin	4.05	Brzeski Stanisław, Choduń Maciej, Cirocki Marcin	28.04
9.	Odczytywanie historii ewolucji – metoda parsymonii.	Turczański Daniel, Wietecha Marcin, Zygar Michał	11.05	Pańczyszyn Karlol, Wieconkowski Krzysztof	5.05
10.	Ukryte modele Markowa.	Kurczewski Maciej, Łada Cezary, Lewoń Robert	18.05	Sowa Grzegorz, Sójko Karol, Witkowski Paweł	19.05
11.	Rearanżacje genomu a sortowanie przez inwersje.	Krasuski Maciej, Kornas Michał, Kubale Tomasz	25.05	Ogrodowczyk Paweł, Rogaczewski Filip, Michna Bartosz	26.05
12.	Komputery DNA – obliczenia w próbówce.	Firlej Kornel, Felskowska Marta, Marcinkiewicz Piotr	1.06	Stepnowski Robert, Tokarski Szymon, Zdunowski Piotr	2.06

Kontakt.

Mail na giaro@eti.pg.gda.pl z "Biologia obliczeniowa" w tytule listu.

Literatura:

A. Baxevanis, B. Ouellette i inni, "Bioinformatyka, Podręcznik do analizy genów i białek", PWN, 2004.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, "Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids", Cambridge University Press, 1999.
D. Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology", Cambridge University Press, 1997.
B. Hames, N. Hooper, "Biochemia, krótkie wykłady", PWN, 2002.
P. Higgs, T. Attwood, "Bioinformatyka i ewolucja molekularna", PWN, 2008.
M. Nei, S. Kumar, "Molecular Evolution and Phylogenetics", Oxford University Press, 2000.
M. Waterman, "Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes", Chapman & Hall, 1995.
P. Winter, G. Hickey, H. Fletcher, "Genetyka, krótkie wykłady", PWN, 2003.